本发明提供一种柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16)病毒株、用途、疫苗及其制备方法。在本发明提供的柯萨奇病毒A16型病毒株中，所述的病毒株的保藏编号为CGMCC No.6954。本发明所提供的CA16病毒株具有如下优点：毒力强，可用于CA16疫苗的评价，也可以用于CA16病毒感染机制的研究。本发明所提供的用于柯萨奇病毒A16型感染动物模型的建立方法能够提供稳定的动物模型，为柯萨奇病毒A16型疫苗研制和抗病毒药物的筛选以及CA16病毒感染机制的研究提供了基础。由本发明的CA16型病毒株制备的疫苗具有有效的免疫活性。