本发明涉及中药药物分析技术领域，具体为一种裸花紫珠道地药材的次生代谢产物色谱与质谱指纹谱的表征方法。本发明采用UPLC建立裸花紫珠道地药材全成分指纹谱，并采用UPLC与DAD/QTOF‑MS/MS联用技术对裸花紫珠道地药材全成分指纹谱在线快速成分定性分析与化合物鉴定，形成裸花紫珠道地药材特定自然环境的化学物质最佳表型。本发明的有益效果在于：裸花紫珠道地药材全成分指纹谱方法操作简单，峰容量大，且精密度、重现性和稳定性均良好，色谱峰分离度好、分析时间短、分析效率和灵敏度高；形成的裸花紫珠道地药材特定自然环境的化学物质最佳表型，解决了市场上裸花紫珠基源应用混乱、道地药材无法表征等问题。