本发明公开了一种基于大数据的医药电子商务商控系统，包括：大数据集成模块，用于收集生产企业、渠道商、零售终端的大数据；商控模型管理模块，用于对大数据进行建模并根据不同的维度生成对应的动态商控模型；商控收益分析模块，用于对动态商控模型补充收益数据运算规则，并通过收益数据运算规则和预设的成本收益核算算法核算生产企业、渠道商和零售终端各自的收益；商控模型预期分析模块，用于通过历史订单数据和机器学习方法对动态商控模型进行训练，以使训练后的动态商控模型能对实时的订单数据做评估预测。可帮助企业做好对产品价格的调控，规避恶性价格竞争，保证价格体系不乱，达到对各环节的利润保证。