本发明涉及一种鱼胶原蛋白的制备方法，包括如下步骤：步骤S1、鱼鳞前处理，步骤S2、微波辅助超声提取，步骤S3、提纯、后处理。本发明采用双频超声、双频微波辅助提取相结合的制备方法，这种方法结合了现有技术中各种鱼胶原蛋白的制备方法的优点，鱼胶原蛋白的产率更高，纯度更好，制备成本更低廉，过程中使用的原料来源广泛，制备工艺简单易操作，适合规模化生产，制备得到的胶原蛋白产品质量高，产率大；在提取前，采用不同性质的脱脂清洗液进行清洗，清洗效果更好，有利于脂的溶解，对后期提取有促进作用，使得制备得到的鱼胶原蛋白纯度更高。