本发明属于天然产物技术领域，公开一种从平卧菊三七茎中分离纯化高纯度黄酮苷类化合物的方法，其包括以下步骤：总黄酮提取液的制备；总黄酮的富集；高速逆流色谱分离纯化；制备色谱分离纯化；制备得到纯度98％以上的槲皮素、木犀草素、芹菜素、四羟基黄酮、7‑甲醚黄芩素。本发明能够一次性从平卧菊三七茎中分离纯化五种黄酮苷类化合物单体，有效提高了平卧菊三七茎中黄酮苷类化合物的提取效率、以及分离纯度和收率。