本发明涉及一种黑果枸杞胶原蛋白肽饮料的制备方法，包括以下步骤：⑴将黑果枸杞和果蔬辅料成熟果实经除杂、打浆、榨汁处理，得到黑果枸杞果汁和辅料果汁；⑵黑果枸杞果汁与辅料果汁混匀，经超声提取、胶体磨研磨后静置、过滤分离，得到混合果汁液；⑶制备胶原蛋白粉水溶液；⑷胶原蛋白粉水溶液中加入酶进行酶解，经灭酶处理后得到胶原蛋白肽液A；⑸胶原蛋白肽液A经脱腥脱苦后，除菌除杂、膜过滤，得到分子量为1000~5000 Da的胶原蛋白肽液B；⑹将食用功能糖0~15%、食用有机酸0~2%、甜味剂0~6%、混合果汁液5~40%、胶原蛋白肽液B 5~35%，余量为纯净水，混合调配均匀后，经均质、灌装、灭菌，即得黑果枸杞胶原蛋白肽饮料。本发明成本低廉、效率高，易于工业化生产。