本发明涉及一种亚磷酸二甲酯的精馏方法，包括如下步骤：原料在酯化反应釜中充分反应后粗酯进入精馏釜，在精馏釜的顶部设置第一精馏塔和第二精馏塔，持续性加热第一精馏塔和第二精馏塔；第一精馏塔首先将物料中的低沸物采集到低沸物储罐内，塔底排出液进第二精馏塔进一步分离；打开真空机组，减压浓缩，将高纯度的亚磷酸二甲酯采集到产品储罐内，塔底残液为高沸物。本发明工艺流程简单、生产时间短，产品纯度高、收率高、可以连续生产、成本低，燃料利用率高、基本无排放、环境污染小、反应操作安全性高，劳动强度低、劳动效率高，产品质量好，利于工业化。