本发明公开了一种基于不同生物碱的Fe(Ⅲ)磁性化合物及其合成方法，包括以下步骤：(1)将游离生物碱与盐酸反应制备该生物碱的盐酸盐(若该生物碱本身以盐酸盐形式存在，此步骤可以省略)；(2)将生物碱的盐酸盐与FeCl3·6H2O反应制备基于生物碱的Fe(Ⅲ)磁性化合物。实验结果表明，基于两类代表性生物碱的Fe(Ⅲ)磁性化合物均对外加磁场具有磁响应性，该方法创造了一种新的天然产物衍生物类型并为其分离提供一种新的技术途径。