本发明公开了一种水溶性纳米缓释功能性辅酶Q10微胶囊及其制备方法与应用，该微胶囊按重量百分比，包括：1～20％辅酶Q10、0.1～1％胡椒碱、0.05～5％抗氧化剂、30～60％载体油、0.05～5％油相表面活性剂、0.05～5％水相表面活性剂、20～50％水相壁材。本发明的水溶性纳米缓释功能性辅酶Q10微胶囊的稳定性好，可防止组分的破坏，且便于加工。