本发明公开了一种天然黄色素的产生菌XJ2新菌种及其色素制备，通过对金黄杆菌(Chryseobacterium sp.)XJ2 CGMCC No.13157进行鉴定表明属于典型的新菌种，通过活化、增殖、萃取生产天然黄色素，所述的生产的天然黄色素可溶于水及甲醇、乙醇，易溶于丙酮、乙酸乙酯及正丁醇等低极性溶剂，提取物乙醇溶液在438nm处有一最大吸收峰；具有抗氧化功能；在pH2.0～9.0范围内稳定；具有较好的热稳定性和一定的光稳定性，对于天然黄色素生产具有重大的现实意义。