本发明公开了一种处理牛蒡萃取物饮料中耐热性孢子的两阶段式杀菌方法，该杀菌方法是先将干牛蒡与水密封在一蒸汽夹层压力锅内，进行第一阶段的低温低压杀菌作业，待牛蒡与水的混合液被加热到一第一温度范围后，持续一个第一期间以上的时间即停止加热；然后，开启锅盖，滤除牛蒡渣，使锅内仅剩萃取液后重新密封；执行第二阶段的高温高压杀菌作业，待萃取液被加热到第二温度范围后，且持续一个第二期间以上的时间即停止加热；最后，待萃取液冷却至常温后，即能获得完全无细菌及耐热性孢子的牛蒡萃取物饮料，且能透过不同温度范围的二阶段杀菌作业，保留绝佳的原始风味。