一种用于核酸测序的方法，其包括：将多个模板多核苷酸链设置在多个确定的空间中，所述空间设置在传感器阵列上，所述模板多核苷酸链中的至少一些具有与其可操作地结合的测序引物和聚合酶；使具有与其可操作地结合的测序引物和聚合酶的模板多核苷酸链暴露于根据预定排序流动的核苷酸物质的一系列流；和针对核苷酸物质的一系列流中的每一个，确定对于该特定流发生了多少核苷酸掺入，以确定与模板多核苷酸链相对应的预测核苷酸序列，其中所述预定排序(a)不是4种不同核苷酸物质的4‑流排列的一系列连续重复，(b)不是为待测序的特定模板多核苷酸链和待使用的特定测序引物的特定组合专门定制的，且(c)包含相保护流排序。