本发明公开了测定甲磺司特原料药中3种基因毒性杂质的方法。本发明的方法使用高效液相色谱‑质谱联用仪，经加入本底原料建立线性方程，使得本发明所公开的方法时间短，同时控制3种杂质，克服了回收率偏高、高浓度样品污染质谱且影响重复性的技术问题，建立了专属性、灵敏度及准确度符合原料药质量控制需要的可靠方法。