本发明涉及新型医疗器械领域，具体涉及组织染色机智能计时的方法及装置，包括：分别获取组织染色机吊臂垂直移动一次和水平移动一次所需的时间；从组织染色机程序中读取当前染色过程对应的程序信息；所述程序信息包括：当前染色过程所使用的各液缸的位置和对应染色时间；根据组织染色机吊臂垂直移动一次和水平移动一次所需的时间和当前染色过程对应的程序信息，计算得到当前染色过程的运行总时间。本发明能够预测染色过程所需要的时间。