本发明涉及一种磁共振波谱重建方法及系统，该方法包括：首先获取欠采样矩阵X0；然后对欠采样矩阵X0进行奇异值分解，得到X0＝UVT；再将U和V的每一列都转化为汉克尔矩阵，并构建磁共振波谱低秩模型；接着引入中间变量将磁共振波谱低秩模型转化为最小秩优化问题；采用交替方向乘子法求解最小秩优化问题，得到Uk+1和Vk+1, 并补全矩阵X：最后当Xk+1为二维磁共振信号时，对Xk+1做二维傅里叶变换得到完整的二维磁共振波谱。本发明利用磁共振信号可以进行范德蒙德分解的性质，对欠采样矩阵X0进行奇异值分解得矩阵U和V，通过采用交替方向乘子法分别求解U和V，完成对U和V的重建，从而实现对欠采样矩阵X0的补全，重建速度快且精度高。