本发明公开了一种解淀粉芽胞杆菌来源的耐热酸性β‑甘露聚糖酶及其编码基因。该耐热酸性β‑甘露聚糖酶及其编码基因来源于Bacillus amyloliquefaciens 66菌株(CGMCC No.14363)，其氨基酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2，编码基因序列如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4所示。本发明的耐热酸性β‑甘露聚糖酶具有以下突出性质：该酶最适反应pH为3，且当pH在2.5‑7.0范围内具有较好的稳定性，在动物胃液(pH 2.5)和肠道(pH 5.5)中均能保持较好的酶活性。最适作用温度为60oC，在75oC高温下3min可保持80%的酶活，可广泛应用于饲料、食品和医药等领域。另外，本发明基于该酶的编码基因分别构建了大肠杆菌、枯草芽胞杆菌和毕赤酵母的工程菌株，其中，毕赤酵母工程菌发酵最高可达10000U/ml酶活，显示了良好的工业化生产前景。