本发明实施例提供了一种基于单样本的二代测序肿瘤体细胞变异检测装置，其中，该装置包括：数据获取模块，用于获取测序数据，其中，测序数据中包括至少同种肿瘤的两个血液样本和至少一个肿瘤组织样本；数据比对模块，用于将测序数据与预设的参考基因组进行比对，得到比对后的数据；变异检测模块，用于对比对后的数据进行变异检测，确定肿瘤组织样本体细胞变异位点和碱基变化。本发明实施例提供的技术方案，将至少两个血液样本进行变异检测合并为变异背景库，然后在肿瘤组织样本变异检测中应用变异背景库过滤生殖变异，得到肿瘤特有的体细胞变异，在没有配对样本情况下对肿瘤组织样本体细胞变异进行检测，降低检测肿瘤体细胞变异的假阳性。