本发明涉及一种医用超韧耐穿刺高阻隔复合薄膜及其制备方法。所述复合薄膜芯层选用一种高熔点结晶型聚酯与一种结晶型聚酰胺树脂的多层层叠结构，解决了耐穿刺、高阻隔的薄膜特性；内表层采用一种低熔点非晶聚酯，具有良好的低温热封性，并可与芯层具有良好的粘结力，解决了与芯层易分层的问题；外表层采用一种低结晶度的共聚聚酯，具有良好的印刷性和阻隔性，并具有与芯层的良好粘结力。该发明利用多层共挤以及层叠技术，进行模头挤出、拉伸等工序从而制备得到厚度可控、易于成型、得膜率较高的复合薄膜。同时，原料廉价易得，制备工艺易于控制，极具工业化生产和实际应用之价值。