本发明提供了一种水溶性共轭聚合物纳米粒子的制备方法，包括以下步骤：A、利用卤代酰卤对环糊精进行修饰，制备卤代环糊精；B、在卤代环糊精中加入含噻吩的烯烃单体进行聚合反应，制备以环糊精为中心、含噻吩侧基的星形聚合物；C、将水溶性单体通过聚合接枝到步骤B制备的星形聚合物上，对其表面进行修饰实现表面性质的控制，得到表面亲水、内层含噻吩侧基的星形聚合物；D、对表面亲水、内层含噻吩侧基的星形聚合物进行氧化交联反应即得到水溶性共轭聚合物纳米粒子。该制备方法简单且重现性好，所得纳米粒子尺寸可控，且结构稳定、表面性质明确，有望应用于非侵入式的荧光生物成像、健康检测、诊断治疗等领域。