本发明涉及一种通过疗效三角形进行药物优选的方法及系统，所述方法包括以下步骤：步骤S1, 药物筛选与疗效统计：步骤S2, 建立四联元系数；步骤S3, 检验筛选出N味常用药的阶段性疗效是否能构成一个泛疗效三角形；步骤S4, 仅考察痊愈率、显效率、好转率能否构成一个疗效三角形；步骤S5, 对能够构成稳定疗效三角形的中药，计算各个稳定疗效三角形的面积，面积大的所对应的中药优先于面积小的稳定疗效三角形所对应的中药。其优点表现在：中药辨治疾病存在较大的不确定性，采集对分析“同、异、反”算法确定不同药物的可信度，并在此基础上根据疗效曲线和疗效三角对药物进行选优排序，为明确选优选药物提供支持。