本发明提供了一种用于预防鸡传染性法氏囊病病毒新变异株的基因工程亚单位疫苗，所述的新变异株为IBDV FJ‑1812株；所述的基因工程亚单位疫苗的有效成分为该变异株的基因序列经过密码子优化改造后表达的VP2蛋白，该VP2蛋白的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；构建IBDV FJ‑1812株VP2蛋白表达区如SEQ ID NO.1所示的基因工程菌，诱导表达与纯化获得VP2蛋白，与药学上可接受的佐剂混匀制备成IBDV新变异株基因工程亚单位疫苗。本发明首次发现了新变异株IBDV FJ‑1812株，针对变异株构建了能够表达出VP2蛋白的表达载体及工程菌，表达的VP2蛋白为可溶性、有抗原性的蛋白。