本发明涉及一种蛋白质多肽自微乳及其制备方法与应用，属于药物制备技术领域。本发明所述蛋白质多肽自微乳包括以下重量份的原料：蛋白质多肽药物0.01～5份、助溶剂0.5～10份、HLB值小于8的甘油脂肪酸酯20～70份和HLB值大于10小于16的聚乙二醇脂肪酸酯50份。本发明所述蛋白质多肽自微乳不仅能够降低蛋白质多肽药物与剂型辅料的吸附，而且能极大的提高蛋白质多肽药物的口服生物利用度。