本发明属于生物医药技术领域，具体地，本发明涉及一种基于化学偶联的壳寡糖疫苗佐剂及其应用。本发明的壳寡糖疫苗佐剂包括巯基化壳寡糖与异型双功能连接剂，巯基化壳寡糖通过异型双功能连接剂与疫苗偶联。本发明的壳寡糖佐剂能够增强免疫应答，具有良好的佐剂作用，可以用作减毒疫苗、蛋白质疫苗、核酸疫苗或多肽疫苗的佐剂。本发明中的壳寡糖已经可以大规模生产，制备方法成熟稳定。