本发明提供了涉及调节细胞针对靶核酸或其转录产物的抗性的方法和组合物。在一些优选的实施方案中，本发明提供了使用一个或多个cas基因或蛋白用来调节细胞针对靶核酸或其转录产物的抗性的组合物和方法。在一些实施方案中，本发明提供了在开发和使用菌株组合和起子培养物轮换中使用的方法和组合物。在其它的实施方案中，本发明提供了用于标记和/或鉴定细菌的方法。在一些优选的实施方案中，本发明提供了使用CRISPR基因座确定噬菌体对细胞的潜在毒力和使用CRISPR‑cas调整噬菌体的遗传序列以提高毒力水平的方法。在进一步的实施方案中，本发明提供了用于开发和使用噬菌体作为生物控制剂的方法和组合物。