本发明的课题在于由多能干细胞制作功能性肠道类器官。通过如下工序由多能干细胞制作肠道类器官：(1)使多能干细胞向内胚层样细胞分化的工序，(2)使工序(1)中得到的内胚层样细胞向肠道干细胞样细胞分化的工序，(3)将工序(2)中得到的肠道干细胞样细胞进行培养而形成球状体的工序，以及(4)使工序(3)中形成的球状体分化而形成肠道类器官的工序，包括在上皮生长因子、BMP抑制剂和Wnt信号活化剂以及MEK1/2抑制剂、DNA甲基化抑制剂、TGFβ受体抑制剂和γ‑分泌酶抑制剂的存在下的培养。