本发明涉及一种基于褐藻胶裂解酶的褐藻胶寡糖测序方法及其应用。本发明首次建立了一种基于褐藻胶裂解酶的褐藻胶寡糖的测序方法，尤其是利用外切型褐藻胶裂解酶AlyPB2在降解多糖及寡糖底物时，是从非还原端逐个切割糖醛酸的特点，利用外切型褐藻胶裂解酶AlyPB2对褐藻胶寡糖进行部分酶切，通过凝胶过滤色谱分离制备不同聚合度的部分酶切寡糖，再利用1H‑NMR技术对酶切产物的还原端和非还原端的糖基结构进行测定，从而简便快速的确定单一组分或聚合度均一多组分褐藻胶寡糖的精确组成和结构，该方法所需样品量较少，且大大简化了后期分析过程，彻底解决了高分子量(DP≥4)褐藻胶寡糖组分的结构鉴定问题。