本发明公开了一种枯草芽孢杆菌的发酵方法及其菌剂的制备方法，枯草芽孢杆菌的发酵方法的步骤中包含：将枯草芽孢杆菌菌株接种到PDA培养基上活化培养；将PDA培养基上的枯草芽孢杆菌菌株移至种子液培养基振荡培养；调整种子液培养基中的菌液浓度至109个细胞/mL，作发酵用一级种子液；将一级种子液接种于发酵培养基发酵培养，得二级种子液；将二级种子液接种于产芽孢发酵培养基发酵培养，并在培养过程中通入空气，得到发酵液。本发明的枯草芽孢杆菌的发酵方法可以通过二级种子液直接进入大生产阶段，发酵密度高，生产效率高。