本发明涉及一种基于微生物的定向筛选的微生物菌剂的制备工艺，利用筛选到的多种应用微生物，将生产春雷霉素和多抗霉素过程产生的菌渣、春雷霉素和多抗霉素残液浓缩物经过酸性蛋白酶酶解、两阶段自然变温发酵、多梯度pH固态混合发酵后，得到的具有生物活性的微生物菌剂，完全去除了菌渣和春雷霉素、多抗霉素残液浓缩物中的异味残留。微生物菌剂中每克活性物料中有效活菌总数超过10亿个，产品粗蛋白占总干物比例达到65‑75%，解决了春雷霉素和多抗霉素生产过程中菌渣和春雷霉素、多抗霉素残液浓缩物的下游处理难度，提高了菌渣作为生产固废的经济价值，生产的混合微生物菌剂在有机肥料和饲料等多个方向的应用前途。