本发明公开了一种亚临界水萃取棉花花中总黄酮的方法，属于食品/农产品及其副产物的加工技术领域。该方法以棉花花为原料，经亚临界水萃取、分离/富集、洗脱、减压浓缩、冷冻和干燥等步骤得到棉花花的黄酮类物质。本发明的亚临界萃取棉花花黄酮的方法，工艺流程简单、操作方便、成本低，适用于所有食品/农产品及其加工副产物或废弃物或植物或中草药中黄酮类物质的高效萃取。