本发明涉及保健食品领域，具体为一种具有抗疲劳和耐缺氧功能的药食同源复合保健饮料，按重量份计包括：药食同源中草药水提液7‑12份、果蔬15‑20份、植物乳杆菌0.01‑0.05份、白砂糖8‑10份、食用香精0.1‑0.5份和纯化水50‑70份。本发明还包括上述乳酸菌保健饮料的制备方法，包括制备药食同源中草药水提液，将药食同源中草药水提液与果蔬、白砂糖和水混合均匀后加入植物乳杆菌发酵，最后依次经过滤、调配、灌装和灭菌制得该保健饮料。本发明复合保健饮料通过对人体肾、肝、脾等器官的综合调理，引入高效的植物乳杆菌进行发酵，其发酵产物对肠道微生态的调节，增强了人体对营养成分和功效成分的吸收效果，在抗疲劳和耐缺氧等方面均具有显著功效。