本实用新型公开了一种医药综合废水处理系统；所述系统包括依次相连的调节池、铁炭塔、催化氧化池、中和反应池、初沉池、综合调节池、气浮池、水解酸化池、水解沉淀池、AO单元、二沉池、反应终沉池和标排口；该系统还包括分别与初沉池、气浮池、水解沉淀池、二沉池、反应终沉池相连的污泥浓缩池，所述污泥浓缩池还分别与集水池和压滤装置相连，所述集水池出水口与综合调节池相连。该系统针对成分复杂的医药综合废水的具体特征，将物化处理、高级氧化处理与生物处理单元相结合，提供兼具效果和效率的医药综合废水处理系统。