一种基于NIR的在线中药水分测量方法及系统，所述基于NIR的在线中药水分测量方法包括：获取中药干燥过程中水分指标NIR模型；对不同类型中药的水分指标NIR模型的差异进行记录，建立中药水分指标NIR模型的标准样本数据库；对中药进行在线NIR信号检测，将获得的NIR信号与标准样本数据库进行比对，获得检测中药的水分信息。