本发明公开了一种在微反应器中酶催化高效制备单月桂酸甘油酯的方法，将月桂酸溶于溶剂中得到溶液A，将甘油溶于溶剂中得到溶液B，溶液A和溶液B同时泵入微反应装置的混合器中混合，然后进入装有固定化酶装置的微反应器中，通过加热反应得到单月桂酸甘油酯。本发明直接采用月桂酸和甘油为原料，于传统工艺相比，有着原料成本低廉和省去了高温高压等繁琐步骤等优势；采用固定化脂肪酶作为生产催化剂，固定化脂肪酶有着生物专一性强、转化率高、可重复利用和节约生产成本等优势；本发明结合微流畅技术，大大缩短了反应时间，且制备得到较高纯度的月桂酸单甘油酯，为之后的进一步纯化提供了可能。