本发明涉及基因工程和生物酶技术，旨在提供一种微生物源氨基肽酶及其制备与应用。该氨基肽酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示，在食品工业和生物制药行业作为蛋白质或多肽的水解酶应用。本发明采用基因工程表达进行实现，克服了天然菌中氨基肽酶含量少的缺点，可以批量发酵；可溶性表达形式避免了其他微生物源蛋白酶为包涵体的缺点。该蛋白酶广泛存在于不同物种的生物体中；具有食品风味改善，生物活性肽制备和神经性化学毒剂特异性清除等功能。其物理特征特征为可溶性形式，且保留天然活性，因而具备广泛应用场景。