一种具有水产病原菌拮抗特性的复合微生物底质改良剂的制备方法及其应用，属于微生物技术领域。本发明提供两株菌株：枯草芽孢杆菌AB‑90008‑15、格式乳杆菌88，通过菌种活化、发酵培养、离心收集菌体及真空干燥粉碎得到复合微生物底质改良剂。本发明提供的复合微生物底质改良剂能够拮抗嗜水气单胞菌、温和气单胞菌、维氏气单胞菌、豚鼠气单胞菌、爱德华氏菌、鳗利斯顿氏菌、副溶血弧菌及溶藻弧菌等水产病原菌，能够降解池塘底泥中含碳有机物、含氮有机物，促进底泥矿化，降低养殖水体COD、氨氮、亚硝酸盐、总磷、总氮的含量，促进水体营养物质的良性循环，防止有毒有害物质的蓄积，改善养殖底质生态环境。