本发明公开了一种黄连水炒吴茱萸炮制工艺，包括以下步骤，S1、取适量黄连片加入八倍量的水煎煮，保持微沸状态25‑30分钟后，去渣取汁；S2、再次取适量黄连片加入六倍量的水煎煮，保持微沸15‑20分钟后，去渣取汁；S3、将S1和S2中得到的煎液混合后，加热浓缩；S4、取一定量吴茱萸，用沸水浸泡2h；S5、取出吴茱萸后晒干，再放入铜锅内炒热；S6、向S5中铜锅内的吴茱萸喷洒S3制得的浓缩黄连汁，并进行炒干，得到炮制品。该工艺，操作细致，药性保持更加完整，以黄连的苦寒沉降之性抑制吴茱萸的辛燥刺激之性，两者一寒一热，一降一升，一阴一阳，互相抑制，互相调和，更加安全合理地满足临床用药。