本发明公开了短双歧杆菌饮液及其制备方法，属于功能饮品技术领域，所述短双歧杆菌饮液由以下重量份的原料制备而成：短双歧杆菌M‑16V菌粉3.935‑11.805份，中链甘油三酯MCT 221.065‑663.195份，其中，中链甘油三酯MCT提取于棕榈仁油或椰子油。本发明以中链甘油三酯MCT包裹短双歧杆菌M‑16V，可以保护短双歧杆菌M‑16V不被胃液杀死，确保短双歧杆菌M‑16V顺利穿过胃液，达到肠道，从而提高短双歧杆菌M‑16V的存活率和在肠道的定殖率，预防感冒、湿疹、过敏性鼻炎、过敏性哮喘的症状。