本发明公开了一种Akkermansia Muciniphila菌在制备防治抑郁症的药物或保健品中的应用。本发明对Akkermansia Muciniphila菌在抑郁发病和抗抑郁中的作用进行了体内药效学研究，结果显示抑郁症患者肠道内的Akkermansia Muciniphila丰度明显降低。动物实验结果显示，抑郁小鼠肠道Akkermansia Muciniphila丰度显著降低。本发明对抑郁小鼠模型给予Akkermansia Muciniphila菌移植，实验表明，Akkermansia Muciniphila菌移植可提升小鼠的运动距离并减少悬尾实验和强迫游泳实验的不动时间，显著缓解小鼠的抑郁状态，显示出了很好的抗抑郁疗效，且未见副作用。