本发明提供了一种石墨结构型纳米材料及其制备方法和应用，本发明提供的石墨结构型纳米材料表面修饰的官能团为环氧基、羰基和羟基；且以所述石墨结构型纳米材料表面的碳碳键、羰基、环氧基和羟基的个数为100％计，所述碳碳键的含量为55～65％；所述羰基的含量为10～16％；环氧基的含量为0.5～1.5％；所述羟基的含量21～31％；使得本发明所述的石墨点作为一种理想的基质应用到MALDI‑MS检测技术中，成功解决了无法检测小分子的瓶颈，同时实现了小分子物质的灵敏检测和组织切片质谱成像。此外，石墨点还提供了一个改变酶活性和表征酶动力学的新手段。