本发明公开了一种抑制结直肠癌致病菌的益生菌配方及其筛选方法，益生菌的筛选方法为：根据正常人和结直肠癌患者的肠道菌群的宏基因组数据及丰度找到结直肠癌致病菌，然后构建肠道菌群互作网络筛选可抑制结直肠癌致病菌的益生菌，调节益生菌配比最后进行验证。利用该方法得到的益生菌配方为：丁酸梭菌1.3×1010CFU/ml，粪肠球菌1×109CFU/ml，短乳杆菌1×109CFU/ml，植物乳杆菌1×109CFU/ml，鼠李糖乳杆菌1×109CFU/ml，清酒乳杆菌1×109CFU/ml，肠系膜明串珠菌1×109CFU/ml。本发明的优点在于：(1)构建了肠道菌群互作网络，使得筛选得到的益生菌配方能更好定殖于肠道；(2)得到的益生菌配方不会产生耐药性，并且安全、有效，性能优良；(3)构建了人体肠道微生物组在线仓库数据库，使结果更加普适、可靠。