本发明公开了一种基于细粒棘球蚴和多房棘球蚴微管蛋白为靶点的抗棘球蚴高通量药物筛选方法，包括以下步骤：分别连接细粒棘球蚴和多房棘球蚴各14个α‑微管蛋白同型基因和11个β‑微管蛋白同型基因到质粒载体，得到包含质粒载体的蛋白表达基因工程菌；重组微管蛋白的表达及纯化；完成其体外聚合作用，将重组微管蛋白与待测药物进行共孵育，以药物对重组微管蛋白体外聚合的影响来筛选抗棘球蚴新药。本发明通过评价药物对微管蛋白聚合的促进或抑制作用，可以高效、简便、经济地高通量筛选基于微管蛋白的抗棘球蚴药物。本发明为抗棘球蚴病药物的筛选提供了新思路，可用于寻找有效的新药物或先导化合物，以治疗棘球蚴病。