本发明公开了基于区域检测的细胞工厂生物反应器层高动态标定方法，涉及生物反应器技术领域，将倾斜显微光学系统安装在细胞工厂生物反应器的一侧，在倾斜显微光学系统移动过程中采集某层培养叠板的图像，采用Hough变换对图像进行处理以识别图像中的明亮区域，当明亮区域占整个视场区域一定比例后认为倾斜显微光学系统到达预定位置，记录驱动倾斜显微光学系统移动的电机上的编码器的当前脉冲值，完成当前培养叠板的层高标定。本发明采用图像处理的方法标定层高，极大的提高了测量准确性，为监测系统的运行提供有力保障。