本发明涉及一种色谱正己烷的纯化方法，方法步骤如下：将正己烷原料通过改性的活性炭纤维吸附柱吸附过滤；以臭氧作为氧化剂对过滤后的正己烷原料进行氧化处理；通过氧化石墨烯吸附柱、氢氧化钠、改性13X分子筛吸附除杂；通过3A分子筛干燥除水；通过蒸馏除去低沸点杂质；通过精馏除杂，得到的色谱正己烷。本发明创新在于选用臭氧作为氧化剂，氧化效果好，速率快，周期短，而且不会引入新的杂质、不产生固体废物，此外，本发明采用氧化石墨烯和改性活性炭纤维作为杂质吸附材料，两种吸附材料对正己烷原料中杂质的吸附效果非常显著，通过此纯化工艺得到的正己烷产品的纯度≥99.4％，水分0.006％以下，收率≥92％。