本发明公开了一种治疗胃肠紊乱及腹胀腹泻的益生元多肽复合益生菌及制备方法，其包括：麦芽糊精5‑8份、玉米淀粉3‑5份、低聚果糖2‑3份、果蔬酵素粉20‑25份、荞麦粉10‑12份、大豆多肽粉5‑8份、苦瓜肽粉10‑12份、鼠李糖乳杆菌0.1‑0.2份、唾液乳杆菌0.2‑0.4份、乳链球菌0.2‑0.3份、嗜酸乳杆菌0.1‑0.2份、动物双歧杆菌0.2‑0.3份、无水柠檬酸1‑2份、车前子2‑3份、甘草8‑10份、鸡内金0.8‑1份、大黄1‑2份、六神曲1‑2份、葡萄糖5‑6份。其通过反复酶解、分阶段发酵结合光照、磁场等处理制备苦瓜肽粉、大豆肽粉，使其中小分子苦瓜肽和大豆肽的含量得以提高，且同时通过与其他天然植物组分、中草药的配合使用来达到更好的降血糖、增加肠动力、促进肠胃消化吸收以及调节肠胃功能等效果。