本实用新型提供了一种单双泵全自动层析系统。该层析系统采用沿竖直方向由下至上的结构设计总体管路，并且在层析柱前后设置多位流通池，藉由该多位流通池可以实现检测层析柱前和层析柱后液体状态的多个检测器的集成化，在提高整个系统自动化的基础上，同时缩短了管路长度，解决了层析系统体积大的问题，减小了层析系统的体积。该层析系统包括：箱体，以及安装在箱体上并沿竖直方向由下至上依次连接的：入口阀组、进样泵、防混阀、气泡陷阱阀组、气泡陷阱、流量计、层析柱前多位流通池、柱位阀、层析柱、层析柱后多位流通池、UV流通池和出口阀组。