本发明公开了生物组织领域的小鼠脑组织不同部位天麻素近红外光谱特异性识别方法，这种方法包括利用近红外z光谱技术测定含天麻素小鼠脑组织不同部位的近红外光谱，应用化学计量学技术对所测光谱进行处理，并依据处理后得到的光谱数据和所测小鼠脑组织不同部位天麻素HPLC分析结果为参考值来建立脑组织判别模型，应用所建模型以实现对脑组织不同部位的灵敏、快速地识别。本发明利用红外光谱检测实现脑组织天麻素及其代谢物无损、快速和准确测定，不同部位客观、快速识别，从而监控天麻素药物代谢浓度及组织分布情况，为研究药物代谢及治疗提供质量保障。