本发明属于基因工程技术领域，具体提供了一种毕赤酵母突变菌株及其在木聚糖酶生产中的应用。所述毕赤酵母的保藏编号为CCTCC NO : M2018375。所述毕赤酵母突变菌株能高效重组表达木聚糖酶，其摇瓶发酵上清液中木聚糖酶酶活高达146 U/ml，比出发菌提高了67.8%；20L罐发酵上清液中木聚糖酶酶活高达813 U/mL，比出发菌提高了62%，取得了意料不到的技术效果。