本发明属于生物技术制药领域，具体涉及一种含有纤连蛋白III型结构域的长效融合蛋白及其制备与应用。所述融合蛋白的结构包括：纤连蛋白III型结构域和插入序列。本发明的纤连蛋白III型结构域融合蛋白，能够有效保护目标蛋白的N端和/或C端，使得目标蛋白不易被酶解，因此其体内半衰期更长，在临床上有望实现三周甚至一月一次的给药频率；所述融合蛋白的生产和制备工艺和抗体相似，产物表达量大；并且所述融合蛋白不会产生在体内无法降解的副作用。