本发明公开了一种快速发药系统和发药方法，应用于医药物流中心药品的拆零拣选。该系统由载具供给模块、分支输送模块、成品输送模块、发药模块、药品载具识读装置、控制模块组成。快速发药方法包括订单队列生成方法和发药控制方法两部分。本发明提出的系统和方法，实现了发药模块依据订单优化组合，全自动并行发药，具有极高的发药效率和配送能力。