本发明提供一种艾司奥美拉唑镁肠溶微片胶囊及其制备方法。本发明将艾司奥美拉唑镁原料药与碳酸氢钠、微晶纤维素等辅料于混合机中混合均匀，压成每片6.5mg的微片，然后将微片分别于包衣机中包上隔离层和肠溶层，最后将包含隔离层和肠溶层的微片注入胶囊中，制得艾司奥美拉唑镁肠溶微片胶囊。本发明解决了主药长时间溶于水和受热情况下易降解导致产品不合格的情况及片剂中微丸破裂造成产品不合格的问题。本发明通过将主药与辅料混合压片，解决了主药遇水和受热不稳定的情况，缩短了生产时间，提高生产效率。